ⓘ Free online encyclopedia. Did you know? page 12

ماتریس جایگزینی

ماتریس جایگزینی نوعی ماتریس تصادفی است که در زیست‌داده‌ورزی و زیست شناسی تکاملی برای هم‌ترازسازی توالی‌های پروتئین، دی‌ان‌ای و یا آران‌ای به کار می‌رود. هر سطر و ستون ماتریس جایگزینی متناظر با یک تکپار نوکلئوتید یا اسید آمینه است و درایه‌های این ...

ماتریس فاصله

در ریاضیات، علوم کامپیوتر و نظریه گراف، ماتریس فاصله یک ماتریس حاوی فاصله‌ها است. که هر درایه آن با یک زوج از اعداد مشخص می‌شود. اندازه این ماتریس N*N خواهد بود که N تعداد نقاط، گره‌ها یا راس‌ها است.

ماتریس وزن موقعیت خاص

ماتریس وزن موقعیت خاص یک روش متداول برای نمایش موتیف‌ها در رشته‌های زیستی است. پی‌دبلیوام ماتریس امتیازدهی است که به هر زیررشته با طول مشخص یک امتیاز اختصاص می‌دهد. در ماتریس به ازای هر یک از حروف الفبا یک سطر و به ازای هر موقعیت الگو یک ستون وجو ...

مؤسسه ملی ژنتیک (ژاپن)

مؤسسه ملی ژنتیک یکی از مراکز اطلاعاتی و تحقیقاتی همچنین دانشگاهی است که در شهر میشیما در استان شیزوئوکا در ژاپن قرار دارد. این مؤسسه در سال ۱۳۴۹ میلادی افتتاح شده‌است. در این مرکز در حدود در حدود ۲۶۰ نوع مختلف درخت ساکورا جهت پژوهش نگهداری می‌شود ...

متابولوم

متابولوم به مجموعه متابولیت‌های کوچک شامل متابولیت‌های واسط، هورمون‌ها و ملکول‌های سیگنال دار و همچنین متابولیت‌های ثانویه در یک نمونه زیستی اطلاق می‌گردد. متابولوم یصورت دینامیک بوده و هر لحظه در حال تغییر می‌باشد. در ژانویه سال ۲۰۰۷ میلادی دانش ...

متابولومیکس

متابولومیکس مطالعه علمی فرایندهای شیمیایی متابولیت هاست. به‌طور خاص، متابولومیکس "مطالعه سیستماتیک اثرانگشت شیمیایی منحصر به فردی است که از فرآیندهای خاص سلولی بجا مانده است"، به عبارتی مطالعه پروفایل‌های متابولیتی مولکول‌های کوچک می‌باشد. متابول ...

متابونومیکس

متابونومیکس به مطالعه کمی متابولیت‌ها در واکنش به یک محرک یا تغییرات ژنتیکی در یک سیستم زنده اطلاق می‌گردد و مهم‌ترین روش مطالعه آنالتیک جهت بررسی پروفایل متابولیت‌های یک نمونه بیولو‍ژیک مانند مایعات زیستی، تکنیک‌های طیف سنجی تشدید مغناطیس هسته ی ...

متاژنومیکس

متاژنومیکس مطالعه مواد ژنتیکی بدست آمده مستقیماً از نمونه‌های محیطی می‌باشد. این رشته گسترده ممکن است ژنومیکس محیطی ، اکونومیست یا ژنومیکس اجتماع نامیده شود. میکروبیولوژی سنتی و توالی یابی ژنوم میکروبی بر اساس کشت کلونی‌ها می‌باشد و توالی یابی، ژ ...

متد جفت گروه وزن‌دار با میانگین حسابی

متد جفت گروه وزن‌دار با میانگین حسابی) یک متد ساده خوشه‌بندی سلسله مراتبی تجمعی می‌باشد که هدف آن، ایجاد یک درخت ریشه‌دار می‌باشد که ساختار موجود در یک ماتریس زوج‌فاصله را نشان می‌دهد. این متد را به رابرت آر. سوکال و چارلز دانکن میشنر نسبت می‌دهن ...

محل اتصال دی‌ان‌ای

محل‌های اتصال دی‌ان‌ای به محل‌هایی روی دی‌ان‌ای گفته می‌شود که مولکول‌های دیگر می‌توانند به آن‌ها اتصال یابند. تفاوت محل‌های اتصال دی‌ان‌ای با بقیه محل‌های اتصال در دو مورد می‌باشد: ۱- این محل‌ها بخشی از توالی دی‌ان‌ای می‌باشند، ۲- به پروتئین‌های ...

مدل جایگزینی

در زیست‌شناسی، مدل جایگزینی توصیف فرایند تغییر یک رشته به رشته‌های دیگر است برای مثال در مدل شاخه‌بندی هر موقعیت در دنباله نشانهٔ وجود یا عدم وجود یک خاصیت در یک نوع موجود است. الفبای این فرایند از "۰" برای نبودن و "۱" برای بودن آن خاصیت است. برا ...

مدل فرگشتی دی‌ان‌ای

تعدادی زنجیره مارکوف مختلف در مدل فرگشتی دی‌ان‌ای مطرح شده است. این مدل‌های تعویضی به توضیح نوکلئوتیدهای جایگزین شده در فرگشت زیستی یک موجود زنده می‌پردازند.

مدل‌سازی مولکولی

مدل‌سازی مولکولی به کلیه تکنیک‌های تئوری و محاسباتی گفته می‌شود که در آن رفتار یک یا چند مولکول به وسیله مدل‌های گرافیکی مطالعه می‌شود. این تکنیک‌ها در علومی چون شیمی محاسباتی و داروسازی به کار می‌رود. از کامپیوترها برای انجام مدل‌سازی مولکولی اس ...

مدل‌های سیر تکاملی دی‌ان‌ای

مدل‌های زیادی مبتنی بر زنجیرهٔ مارکوف، برای مدل‌سازی سیر تکاملی دی‌ان‌ای ارائه شده‌است. معمولاً مدل‌های جانشینی ارایه‌شده با هم در پارامترهایی که برای توضیح نرخ جانشینی یک نوکلئوتید در طول تکامل دی‌ان‌ای در نظر گرفته می‌شوند، متفاوت هستند. این مد ...

منحنی زد

منحنی زد‍ یک الگوریتم بیوانفورماتیک برای آنالیز_دنباله می‌باشد. منحنی زد یک منحنی سه بعدی می‌باشد که یک دید یکتا از توالی دی‌ان‌ای می‌دهد. در واقع منحنی زد و توالی دی‌ان‌ای می‌توانند از روی یکدیگر ساخته شوند.

نظریه توالی‌یابی دی‌ان‌ای

نظریه توالی‌یابی دی‌ان‌ای به تلاش‌هایی جهت طرح کردن مبانی تحلیلی توالی‌یابی دی‌ان‌ای می‌گویند. توالی‌یابی دی‌ان‌ای فرایندی است که در طی آن ترتیب نوکلئوتیدهای درون مولکول DNA مشخص می‌شود. نتایج ریاضی محض بدست آمده نظریه توالی‌یابی دی‌ان‌ای در عمل ...

نگاشت مغزی

نگاشت مغزی مجموعه‌ای از تکنیک‌های علوم اعصاب مبتنی بر نگاشت مقادیر یا ویژگی‌های زیستی بر روی نمایش فضایی مغز است که منجر به تولید نقشه‌های مغزی می‌شود. بر اساس تعریف منتشر شده در سال ۲۰۱۳ توسط جامعهٔ نگاشت مغزی و درمان‌شناسی SBMT, تعریف نگاشت مغز ...

نوروانفورماتیک

نوروانفورماتیک یک رشته مطالعاتی در رابطه با پردازش داده‌های عصبی و اطلاعات موجود در سیستم‌های عصبی است. نوروانفورماتیک دربارهٔ توسعهٔ داده‌های عصبی از طریق مدل‌های محاسباتی و ابزارهای تحلیل داده برای تجزیه و تحلیل عملکرد سیستم‌های عصبی و داده‌های ...

هم‌ترازسازی توالی

در بیوانفورماتیک، هم‌تراز کردن توالی به روش‌های مرتب کردن توالی‌های آران‌ای، دی‌ان‌ای و پروتئین گفته می‌شود به‌طوری‌که مکان‌های مشابهت بین توالی‌ها را مشخص کند. این مکان‌های مشابهت بین دو یا چند توالی، می‌تواند نشانگر ارتباط عملکردی، ساختاری یا ت ...

هم‌ترازسازی چند توالی

هم‌ترازسازی چند توالی ، هم تراز کردن توالی سه یا بیشتر توالی‌های بیولوژیکی - که به‌طور کلی شامل پروتئین، DNA و RNA می‌شود- است. در بسیاری از حالات، فرض شده‌است که مجموعهٔ ورودی از توالی‌های درخواستی یک رابطهٔ تکاملی با هم دارند به‌طوری‌که همهٔ آن ...

همگذاری ازسرنو ترانسکریپتوم

برخلاف سطح پوشش دنبالهٔ ژنوم- که در نتیجهٔ محتوای تکراری در نواحی غیر کدینگ اینترون دی‌ان‌ای، می‌تواند به صورت تصادفی متفاوت باشد- سطح پوشش توالی ترانسکریپتوم مستقیماً نشان‌دهندهٔ سطح بیان ژن‌هاست. این توالی‌های تکرار شده هم‌چنین می‌توانند باعث ا ...

یونی‌پروت

یونی‌پروت یک پایگاه داده آزاد و همگانی از ساختار اولیه پروتئین و اطلاعات عملکردی آنان است که داده‌های خود را از پروژه‌های توالی‌نگاری ژن‌ها می‌گیرد. این پایگاه داده، مخزن عظیمی از اطلاعات دربارهٔ عملکرد زیست‌شناختی پروتئین‌هاست که از مقالات پژوهش ...

اتوماتون تعیین‌ناپذیر متناهی

در تئوری محاسبات، اتوماتون تعیین‌ناپذیر متناهی یا اتوماتون غیرقابل تعیین متناهی یا ان‌اف‌اِی به اوتوماتون‌هایی گفته می‌شود که در مورد آن‌ها برای برخی از دوتایی‌های حالت و سمبل ورودی امکان عبور به بیشتر از یک حالت جدید اجازه داده شده باشد. NFA در ...

الحاق (علوم رایانه)

در نظریهٔ محاسبات و مهندسی نرم‌افزار، عمل الحاق یا پیوند زنجیره‌ای به عملی دوتایی گفته می‌شود که از دو رشتهٔ موجود رشتهٔ تازه‌ای می‌سازد، یا با الحاق دو زبان داده شده یک زبان جدید درست می‌کند.

بازگشت چپ

در زبان رسمی صوری در علوم کامپیوتر بازگشت چپ یک نوع بازگشت ویژه است. در گرامرهای مستقل از متن. غیرپایانهٔ r بازگشتی چپ است اگر چپ‌ترین نشانه در همهٔ تولیدات r به صورت بی‌درنگ مستقیم / بازگشتی چپ بی‌درنگجایگزین شود یا غیرترمینالهای دیگر به صورت غی ...

ترکیب کننده تجزیه‌گر

یک ترکیب کننده تجزیه‌گر در برنامه‌نویسی رایانه ای، یک تابع مرتبه بالا است که چندین تجزیه کننده را به عنوان ورودی می‌پذیرد و یک پارسر جدید را به عنوان خروجی برمی‌گرداند. در این زمینه، یک پارسر تابعی است که رشته‌هایی را به عنوان ورودی می‌پذیرد و سا ...

تعمیم دستور زبان مستقل‌ازمتن

تعمیم دستور زبان مستقل از متن گرامری است که با اضافه کردن توابع ترکیب که به صورت بالقوه غیر مستقل هستند، گرامر مستقل از متن را تعمیم می‌دهد. گرامر هد نمونه‌های از این نوع GCFC هستند که به صورت خاص برای پرداختن به انواع مختلفی از خصوصیات غیر CF زب ...

دریچه رایانشی

دریچهٔ رایانشی یا دریچهٔ الگوریتمی چشم‌اندازی تازه را برای اندیشیدن می‌گشاید. بسیاری از پدیده‌های طبیعی، در نهاد خود رایانشی هستند. اگر پدیده‌های زیست‌شناختی، اقتصادی، فیزیک کوآنتومی و دیگران از دریچه‌ی نیازها و توانایی‌های رایانشی آنها نگریسته ش ...

دستور زبان مستقل از متن

گرامر مستقل از متن به گرامری به صورت G=V,T،S,P گفته می‌شود که قانون‌های تولید آن به شکل زیر باشند: A→x که A € V و *x € V∪T زبان L یک زبان مستقل از متن است اگر و تنها اگر گرامر مستقل از متنی مانند G وجود داشته باشد که رابطه L=LG برقرار باشد. همه گ ...

دستور زبان مستقل‌ازمتن قطعی

گرامرهای مستفل از متن قطعی در تئوری رسم گرامر، گرامرهای مستقل از متن قطعی زیرمجموعه‌ای برای گرامرهای مستقل از متن هستند. آن‌ها زیرمجموعه‌ای از گرامرهای مستقل از متنی هستند که مشتق شده از اوتوماتای قطعی pushdown می‌باشند و زبان مستقل از متن قطعی ر ...

دستور زبان منظم

یک گرامر منظم راست که گرامر خطی از راست نیز نامیده می‌شود دستور زبان رسمی است N,∑, p, S که تمامی قواعد مجموعهٔ p به یکی از اشکال زیر در آن وجود دارند: B -> B-a نماد غیرپایانی از N است و α یک ترمینال پایان از ∑ B -> B-aC و C جزئی از N هستند ...

زبان بازگشتی

در ریاضیات، منطق و علم کامپیوتر، یک زبان رسمی بازگشتی است، اگر زیر مجموعهٔ بازگشتی از مجموعهٔ تمام ترتیب‌های محدود ممکن از الفبای آن زبان باشد. به عبارت دیگر، یک زبان رسمی زمانی بازگشتی نامیده می‌شود که در آنجا یک ماشین تورینگ کلی وجود داشته باشد ...

زبان توصیف کامپایلر

نسخهٔ سوم این زبان در سال ۲۰۰۴ و با نام CDL3 ارائه شد. این زبان تغییرات زیادی نسبت به CDL1 کرده. بسیاری از مفاهیم در این نسخهٔ جدید به جای معنای صریح، با نحو بیان شده‌اند. عملگرهای ابتدایی برای دسترسی به داده و عملیات ریاضی هم به زبان اضافه شده‌اند.

زبان حساس‌به‌متن

در علم کامپیوتر نظری، زبان حساس به متن یک زبان صوری است که می‌تواند توسط یک گرامر حساس به متن تعریف شود. این دستور زبان یکی از چهار نوع دستور زبان در وراثت چامسکی می‌باشد.

زبان شمارش‌پذیر بازگشتی

در ریاضیات، منطق و علوم کامپیوتر، یک زبان صوری شمارش‌پذیر بازگشتی می‌باشد در صورتی که زیرمجموعه شمارش‌پذیر بازگشتی در مجموعه‌ای از کلمات احتمالی برحسب الفبای زبان وجود داشته باشد، یعنی یک ماشین تورینگ وجود داشته باشد که تمام رشته‌های معتبر زبان ر ...

زبان مستقل‌ازمتن قطعی

در نظریهٔ زبان صوری، زبان مستقل از متن قطعی ، یک زیر مجموعهٔ سره از زبان‌های مستقل از متن می‌باشد. این زبانهای مستقل از متن هستند که می‌توانند بوسیلهٔ یک ماشین پشته‌ای قطعی پذیرفته شوند. DCFLها همیشه واضح هستند، به این معنی که آن‌ها یک گرامر واضح ...

زبان منظم

در علوم نظری رایانه، زبان‌های منظم ، به زیرمجموعه‌ای از زبان‌های صوری گفته می‌شود. اعضای یک زبان منظم با عبارت‌های منظم ساخته‌می‌شوند و توسط ماشین حالت متناهی معین پذیرفته می‌شوند. از زبان‌های منظم در تجزیه کننده‌ها و طراحی زبان‌های برنامه‌نویسی ...

زبان‌های پشته‌ای عیان

در گرایش نظریه زبان‌ها و ماشین‌ها از علوم کامپیوتر، زبان‌های پشته‌ای عیان زبان‌هایی هستند که بین زبان های منظم و زبان‌های مستقل‌ازمتن تصمیم‌پذیر جای می‌گیرند. این زبان‌ها در سال ۲۰۰۴ میلادی توسط Alur and Madhusudan پیشنهاد شدند و در مدل کردن ساخت ...

ستاره کلین

عمل ستارهٔ کلین بر روی مجموعهٔ X {\displaystyle X\!} به صورت زیر تعریف می‌گردد: X ∗ = ⋃ i = 0 ∞ X i {\displaystyle X^{*}=\bigcup _{i=0}^{\infty }X^{i}} درواقع، مجموعهٔ X ∗ {\displaystyle X^{*}\!} همگی رشته‌هایی را شامل می‌شود، که قادریم آن‌ها را ...

طولانی‌ترین زیررشته صعودی

مسئلهٔ طولانی‌ترین زیر رشته صعودی یا LIS این است که در یک رشتهٔ داده شده طولانی‌ترین زیر رشته‌ای را بیابیم که عناصر آن زیر رشته از کوچک به بزرگ مرتب شده باشند. اعضای زیر رشتهٔ انتخاب شده لزومی ندارد متوالی باشد. مسئلهٔ طولانی‌ترین زیر رشتهٔ صعودی ...

عبارت باقاعده

عبارت باقاعده ، که تحت عنوان regex یا regexp نیز نامیده می‌شود در علوم رایانه، به معنی تطبیق رشته در متن است، که از قبیل نویسه‌های خاص، کلمات و الگوهایی از نویسه‌ها می‌باشد. یک عبارت باقاعده با زبان معمولی نوشته می‌شود که می‌تواند توسط یک پردازشگ ...

فرم باکوس نائور

در علوم رایانه فرم باکوس نائور یا فرم بکوس-نائور ∗ یکی از روش‌های بیان قواعد است که برای گرامر مستقل از متن ارائه شده‌است. اغلب از آن به عنوان دستور زبان رسمی در علوم رایانه مورد استفاده قرار می‌گیرد؛ از این میان می‌توان به زبان‌های برنامه‌نویسی، ...

فرم باکوس نائور توسعه یافته

فرم باکوس نائور توسعه یافته یا EBNF در علوم رایانه ای، یک خانواده از نمادهای متاسینتاکس است که هر کدام از آن‌ها می‌توانند برای بیان یک دستور زبان مستقل از متن استفاده شود. EBNF برای توصیف زبان صوری استفاده می‌شود که می‌تواند یک زبان برنامه‌نویسی ...

فرم نرمال چامسکی

در نظریه زبان صوری، یک گرامر مستقل از متن هنگامی در فرم نرمال چامسکی است که تمام قوانین تولید آن با فرم زیر باشید: به طوریکه A {\displaystyle A}, B {\displaystyle B} و C {\displaystyle C} کاراکترهای غیرپایانه و α {\displaystyle \alpha } یک کاراکت ...

فرم نرمال گریباخ

در علوم کامپیوتر و نظریه زبان صوری، یک گرامر مستقل از متن را در فرم نرمال گریباخ می‌گویند اگر سمت راست تمام قواعد تولید آن با یک نماد پایانی شروع شود و به طور اختیاری با بعضی متغیرها دنبال شود. یک فرم نادقیق، یک استثناء در این محدودیت قالب را می‌ ...

فرمالیسم گرامر نیمه حساس به متن

در زبان‌شناسی رایانشی، عنوان فرمالیسم‌های گرامر نیمه حساس به متن به چندین گرامر صوری اطلاق می‌شود که با هدف ارائهٔ توصیفی نحو زبان توسعه یافته‌اند. هر فرمالیسم گرامر نیمه حساس به متن، کلاسی از گرامر نیمه حساس به متن گرامرهایی که می‌توانند در فرما ...

قضیه مای‌هیل–نرود

در قضیه زبان صوری قضیه مای‌هیل–نرود یک شرط لازم و کافی را برای منظم شدن زبان فراهم می‌کند. این قضیه به اسم جان مای‌هیل و آنیل نرود که آن را در دانشگاه شیکاگو ثابت نموده‌اند نام‌گذاری شده‌است.

قواعد بازگشتی

در علوم کامپیوتر، به‌طور کلی گرامری بازگشتی نامیده می‌شود که شامل قواعد تولید بازگشتی باشد، بدین معنی که گسترش یک عبارت غیر پایانی بر اساس این قواعد، در نهایت منجر به رشته ای گردد که مجدداً شامل همان عبارت غیر پایانی باشد. در غیراین صورت، گرامر غ ...

قوانین بی‌فایده

قوانین بی فایده ،در علم کامپیوتر نظری، به ویژه در نظریه زبان رسمی، از دستور زبان رسمی آن دسته از قواعد تولید نماد هستند که غیرقابل دسترسی یا غیر مولد هستند به طوری که می‌توان هرگز به کار گرفته نشوند.

گرامر اس‌ال‌آر

در علوم کامپیوتر گرامرهای SLR کلاسی از گرامرهای رسمی هستندکه توسط پارسرهای LR ساده پذیرفته می‌شوند. همه گرامرهای (LR(0 زیر مجموعه گرامرهای SLR هستند و گرامرهای SLRزیر مجموعه همه گرامرهای (LALR(1 و (LR(1 هستند. وقتی که پردازش با پارسر SLR تمام شد ...